Midiファイルの一部を切り取る方法は、以前調べたのですが、
「無音部分を挿入する」という方法が、なかなか見つかりません。
高額なソフトを使えばできそうですが。。。

いろいろ調べて、「Retro Music Editor」というフリーソフトを見つけました。

Midiファイルを、インポート／エクスポートできます。
インポートして、頭やおしりに小節を追加すれば、
「無音部分の挿入」ができます。

ですが、単純にやると、エクスポートがうまくできない。
今のところ、うまい方法が見つかりません。
明日も、調べてみます。